裁量労働制には、もう一つ、企画や調査といった業務に従事していて、業務の遂行について本人の裁量がある場合のための制度もある。この制度では、労使委員会という特別な社内の委員会の５分の４以上の多数の決議にもとづき労働時間を決めてよいことになっている。ただ、この後者のタイプの裁量労働制は、手続要件が厳格すぎて、あまり普及していない。さらに、もう一つ、最近、注目の制度がある。それが管理監督者に対する適用除外制度である。
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労働基準法は、管理または監督の地位にある社員（管理監督者）には、労働時間に関する規定を適用しないことにしている（41条２号）。労働時間の規制を受けないので、管理監督者には、時間外労働はありえず、したがって、どんなに長く働かせても、会社には割増賃金を支払う義務はない。そこに目をつけて、形だけ管理職に昇進させて、割増賃金の支払いを免れようとする会社が出てきたことから、これが社会問題となった。いわゆる「名ばかり管理職」問題である。労働基準法の規定は強行規定なので、たとえ社員の同意があっても、会社が法律上のルールを変更することはできない。ましてや社員の同意もなければ、これが許されないのは当然である。管理監督者の範囲に関する法律上の明確な定義はないが、裁判例や行政通達でいちおうの基準が示されている。その基準を勝手に緩めて運用することはダメなのである。最近でも、ファーストフード店の店長を「管理監督者」として扱うのは違法であるとして、未払いの割増賃金を遡って支払うよう会社に命じた判決が出て、話題となった。